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AgroBox® No.1(結晶化スクリーニング)

まずはタンパク質/核酸の結晶を見出す

AgroBox_No1.png

1. サンプル品質チェック(タンパク質のみ)

結晶化できるかどうかは、サンプルの純度、濃度、性質に大きく依存します。AgroBox® No.1では、まず簡易的かつ重要なチェックとして、UV計測およびSDS-PAGE解析などにより、お客様にご提供していただいたタンパク質の純度および濃度の確認を行います。この段階でアミノ酸配列情報をご提供頂く必要はありません。純度または濃度が不十分であった場合、直ちにお客様にデータと共にご連絡いたします。本データは、結晶化スクリーニングおよびX線回折実験の結果の参考データとしても用います。

No1_UV計測とSDS-PAGE

この段階で結晶化に適さない可能性があると判明した場合、結晶化段階に進むか、中止にするか、お客様が選択可能です。中止した場合は、AgroBox No.1の見積額の1/10の金額の請求となります。なお、単純な濃度不足の場合では、十分なサンプル量があれば、当社で濃縮作業(遠心式限外ろ過フィルター)を実施することも可能です(★無料:ただしサンプルロス時の保証はございません)。

2. 一次結晶化スクリーニング

タンパク質結晶化実験として、様々な条件の結晶化溶液と高濃度タンパク質溶液を混合させて、数日から数週間静置します。結晶化溶液は、レパートリー豊富にご用意した市販のスクリーニングキット(下表)の中から、基本Boxおよび追加Box A~Fから選択いただきます。基本的には、20℃でシッティングドロップ蒸気拡散法を用いた結晶化スクリーニングを行います(96×5=480条件)(※4℃または任意の温度をご希望の方は、別途ご相談ください)。結晶化プレートは、結晶化ロボット(SPT Labtech社製mosquito)を用いて作成します。480条件のスクリーニングを行うためには、10 mg/mL 以上の濃度のタンパク質溶液が125 µL 必要になります(0.20 µL分注)。

※脂質キュービックフェーズ(LCP)法による膜タンパク質結晶化をご希望の方は別途ご相談ください(別料金)。

BoxNo1_タンパク質結晶化用ナノリッター分注機mosquito

タンパク質結晶化用ナノリッター分注機mosquito(SPT Labtech社製)を用いた結晶化スクリーニング

一次結晶化で利用可能なスクリーニング溶液セット一覧

スクリーニングキット35種.jpg

※任意のスクリーニングキットをご選択いただくことも可能です(別料金)。

スクリーニング溶液おすすめ組み合わせ

●可溶性タンパク質通常推奨セット(基本Box+追加Box A、@20℃)[10プレート/960条件]
●膜タンパク質推奨セット(基本Box+追加Box A & B & C、@20℃)[20プレート/1920条件]
●核酸推奨セット(基本Box+追加Box E、@20℃)[10プレート/960条件]
●全部入りセット(基本Box+追加Box A & B & C & D & E & F、@20℃)[35プレート/3360条件]
●パーフェクトセット(基本Box+追加Box A & B & C & D & E & F、@20℃+4℃)[70プレート/6720条件]

3. 結晶観察

結晶化プレート上の結晶の発生を確認するため、顕微鏡を用いて定期的に観察します。結晶発生は、早くて数日、遅いものでは1か月以上の時間が必要です。また結晶化プレート上には、タンパク質結晶だけではなく、結晶と見間違う沈殿や、沈殿剤などに含まれる塩の結晶が生じることも珍しくありません。当社では、定期的に結晶を写真撮影し、その判定を経験豊富な研究者が行っています。結 晶化プレートの観察期間は、最大2か月としております(創薬用の複合体結晶の作製などにおいて、結晶の発生に数か月以上かかるような条件は実用的ではないため)。

No1_結晶観察

4. 結晶品質チェック

結晶化スクリーニングにより結晶が得られた場合は、X線照射によって結晶の質(分解能、回折点の形状、モザイク性等)を確認します。


はじめに、結晶が得られている溶液条件(結晶化条件)を確認します。条件によっては、特別な操作をせずに結晶凍結へと進みますが、結晶品質チェックに影響があると当社研究者が判断した場合は、結晶化溶液組成を参考に、代表的な抗凍結剤を含む溶液へ結晶を浸します(AgroBox® No.3ではこの条件検討を行います)。つづいて、ループを用いて結晶の回収を行った後、結晶を凍結し、SPring-8、KEK/PF、AichiSR、(必要に応じて海外放射光施設)の各放射光施設を用いて、クライオ条件下でのスナップショット(結晶を回転させずに1~2点のみ測定)により結晶の評価を行います(AgroBox® No.2~4をご購入の場合は、十分な回折点が得られた場合にフルデータ測定を行う場合があります)。

以上の測定から、当社研究者がAgroBox® No.2の「結晶化条件最適化」に進める適切な結晶化条件を選び出します。 

結晶

AgroBox® No.1 サービス内容

基本Box(480条件)【1 box 料金単位必要】

結晶化ロボット(Mosquito)を用いて、結晶化実績が高い基本Boxの5キット(96ウェルプレート5枚分、Table参照)による計480条件の結晶化スクリーニングを行います。その後、経時的な結晶観察を実施し、良好な結晶を当社研究者が判定します。最終的にそれらの結晶に対して放射光施設にてX線を照射し、最大25条件の結晶品質チェックを行います。

追加Box A, B, C, D, E, F(各480条件以上追加)【0.5 box 料金単位必要】

基本Boxに加えて、追加Box 1つにつき480条件(96ウェルプレート5枚分)の結晶化スクリーニングを追加することができます。結晶化の温度を4℃に変えることもできます。追加Box 1つにつきループ法またはin situ測定法にて最大25条件の結晶品質チェックを行います。 

追加Box RF(RNase Free作業オプション)【0.5 box 料金単位必要】

RNAを含むサンプルの結晶化には、追加Box RF (RNase Free作業オプション)をご利用ください。結晶化は、20℃で長期間(数日~2ヶ月)の長期間のインキュベーションを行うため、RNaseがコンタミするとRNAが分解する可能性があります。本追加BoxはRNase Free条件で結晶化を行うことにより、RNAの分解を防止します。 


ご用意いただくもの:
・タンパク質溶液(10 mg/mL 以上推奨)各Box 125 µL
必要(96ウェルプレート1枚あたり25 µL必要)
納品物:
・レポート
結晶観察の結果:生成した結晶の写真データ、詳細な結晶化条件
結晶品質チェック:X線回折写真およびオリジナルデータ

※価格は、別途価格表をご覧ください。

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