AgroBox No.7（リガンド複合体解析）
構造ベース創薬（Structure-Based Drug Design : SBDD）のために、タンパク質－リガンド複合体構造を多数収集します。
※精製されたタンパク質、およびリガンドとなる化合物の準備が必要です。
※AgroBox No.1～６が実施済み、またはお客様側で構造解析済みの場合にご利用可能です。
創薬に必要なデータ収集
1. 複合体形成方法の探索(共結晶化&ソーキング)
タンパク質結晶構造を利用した薬剤デザイン（構造ベース創薬：SBDD）を行うための、タンパク質－リガンド複合体構造を取得します。1種類のタンパク質に対し、多種の薬剤候補の低分子化合物を結合させて、各化合物とタンパク質の複合体結晶構造解析を行い、構造モデルおよび電子密度マップをご提供します。基本Boxには複合体結晶の調製条件の探索作業からフルセットで含まれています。複合体結晶構造解析を行うためには化合物が結合した状態の結晶を調製する必要があります。
本Boxでは、まず複合体形成方法の検討から行います。この方法として、①『共結晶化法：先にタンパク質と化合物を混合してから結晶化を行う』と、②『ソーキング法：タンパク質のみの結晶を先に成長させ、後から化合物溶液に浸すことで複合体結晶を得る』の2種類があります。どちらの手法が適切かはタンパク質によって異なります。
①の共結晶化法では、化合物の性質によっては、結晶が形成しない（結晶化条件の再探索が必要）というリスクがあります。また、長時間の結晶化インキュベートをするため、水溶媒中で壊れやすい化合物は、共結晶化ができません。
②のソーキング法では、あらかじめ作成した結晶に化合物を添加した後、比較的短時間で凍結保存を行います。そのため、結晶化条件の再探索は不要であり、分解しやすい化合物にも適用可能です。しかし、結晶のパッキングの状況によっては、化合物がリガンドポケットに届かない（結合しない）可能性があります。本Boxではそれぞれの複合体形成法を試し、どちらが適しているか探索します。
2. フルデータ測定からモデリングまで
放射光施設に確保している当社ビームタイムを利用して、複合体結晶のX線回折フルデータ測定を行います。利用可能な施設は、SPring-8、高エネルギー加速器研究機構Photon Factory (KEK/PF)、AichiSR、Swiss Light Source (SLS)の４か所です。当社研究者が結晶のサイズや数に応じて、放射光施設、ビームライン、測定モード（シングル、ヘリカル、マルチ）の適切な選択行い、測定を行います。測定後は、AgroBox No.5, No.6と同様にデータ処理および化合物結合部位周辺（約15Å以内）の構造精密化を行います。
※海外放射光Swiss Light Sourceを利用した場合も、追加料金は不要です。
AgroBox No.7サービス内容
基本Box（2化合物）【2box単位必要】
化合物とタンパク質の複合体結晶の作成（2化合物×4結晶×2条件[共結晶またはソーキング]=16条件）、フルデータ測定、X線回折データ処理、構造モデリングをフルセットで行います。この際に、複合体結晶条件の探索（共結晶およびソーキング）も併せて行います。Uni-Puck1個分の合計16個の結晶を測定いたします。
※本Boxは、2Box分の料金になります。
追加BoxA（4化合物）【2box単位必要】
基本Boxで決定した複合体結晶の調製条件を利用し、追加4化合物の複合体結晶（4化合物×4結晶=16個）の測定と解析を行います。Uni-Puck1個分の合計16個の結晶を測定いたします。
別途ボリュームディスカウント用追加Boxもあります。
※本Boxは、2Box分の料金になります。
ご用意いただくもの
・タンパク質溶液（5 mg/ml以上推奨）：30μL
・DMSO溶解化合物（20 mM以上推奨）
・タンパク質のアミノ酸配列情報
・化合物情報(smiles形式)
※化合物情報の提供を望まれない場合は、タンパク質モデリングまで当社で行い、化合物モデリングをお客様で行っていただく事も可能です。
納品物
・結晶調製から構造モデリングまでのフルセットのレポート
・立体構造モデル（PDB形式）
・構造精密化後の構造因子データ（mtz形式）
ボリュームディスカウント
追加Box B (96穴プレート)
最大96化合物に対してソーキング/共結晶構造解析を行います。対象となるタンパク質は1種です。96穴プレート（または384穴プレートの一部）にDMSO溶解化合物をご用意ください。
※個別お見積りします。お問合せ下さい
追加Box C (384穴プレート)
最大384化合物に対してソーキング/共結晶構造解析を行います。対象となるタンパク質は1種です。384穴プレートにDMSO溶解化合物をご用意ください。
※個別お見積りします。お問合せ下さい
