フラグメントベース創薬（FBDD）は、100~300 Da付近という一般の薬剤よりも小さい化合物（フラグメント分子）を創薬の出発化合物として使い、そこから合成展開することで、効率的に新規かつ高アフィニティーのリード化合物を創出する戦略です。この手法は、タンパク質の立体構造情報をもとにした創薬手法（構造ベース創薬/Structure -Based Drug Design：SBDD）と組み合わせると威力を発揮します。

通常のSBDDでは、ハイスループットスクリーニング（生化学アッセイなど）やドッキング・シミュレーションなどのスクリーニングでヒット化合物が発見され、その後にヒットバリデーション（精密な生化学アッセイなど）で確実な活性が確認されたのちに、ヒット化合物-タンパク質の複合体構造の解析を行うことが一般的です。一方FBDDの考え方をもとにしたSBDDでは、活性不明なフラグメント分子を数百種類、最初から標的タンパク質結晶に添加（ソーキング）し、複合体構造解析を行います。フラグメント分子は、分子量が小さいため、弱いアフィニティーでポケットの特定部位に特異的に結合しやすいという性質があります。高濃度の低分子化合物のソーキングで、この弱く結合するフラグメント分子を複数見つけることができれば、そこから効率的に合成展開（化合物の拡張・結合・最適化）が可能です。
 

フラグメント化合物スクリーニングには、タンパク質上の未知の結合部位を発見できる可能性もあります。フラグメント分子のセットは、既知のポケット以外にも結合する可能性があり、実際に新規な結合サイトが発見された例も多々あります。

以上のように、「結合するフラグメント分子の発見」と「新規ポケットの発見」の二つを同時に行うことが可能な点がフラグメントスクリーニングの強みと言えます。